​ Từ năm 1965 đến năm 1966 Hải Lý chỉ có một trường cấp I. Năm 1968 - 1969 giữa lúc giặc Mỹ đang điên cuồng đánh phá ác liệt trong phạm vi cả nước, trường cấp II Hải Lý được thành lập do thầy giáo Trần Xuân Đào quê ở Thị Trấn Cồn Hải Hậu Nam Định làm hiệu trưởng, trường mở tại trung tâm xã, gồm hai lớp 5, một lớp 6, với 155 học sinh và chỉ có 5 cán bộ giáo viên.
Mặc dù khó khăn về kinh tế, trong hoàn cảnh chiến tranh ác liệt, lớp học có lúc phải sơ tán vào các xóm để học nhưng vẫn vững bước đi lên, huy động đủ số lượng học sinh trong độ tuổi đến trường; đội ngũ giáo viên không ngừng được nâng cao về phẩm chất chính trị và năng lực chuyên môn nghiệp vụ; cơ sở vật chất ngày càng được hoàn thiện góp phần đẩy mạnh phát triển sự nghiệp giáo dục.
Từ năm 1968 - 1969 đến năm 1976 - 1977 trường có tên là trường cấp II Hải Lý.
Từ năm 1977 - 1978 đến năm 1993 - 1994 trường cấp II sáp nhập với trường cấp I thành trường PTCS Hải Lý.
Năm học 1994 - 1995 tách trường PTCS thành 2 trường: Trường Tiểu học và trường THCS Hải Lý.
Năm 1980 - 1981 nhà trường triển khai cải cách giáo dục (hệ 9 năm đã kết thúc tốt đẹp)
Năm học 2001 - 2003 nhà trường triển khai "Đổi mới chương trình giáo dục phổ thông, đẩy mạnh xã hội hóa giáo dục tạo nguồn lực đầu tư nâng cấp CSVC trường học, nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện giai đoạn 2002 - 2007 của UBND huyện Hải Hậu.
Năm học 2002 - 2003 nhà trường triển khai "đổi mới trương trình giáo dục phổ thông"  theo Nghị quyết số 40 của Quốc hội nước cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam; đạt chuẩn phổ cập giáo dục trung học cơ sở; được công nhận là trường Tiên tiến của ngành GD&ĐT Nam Định.
Năm 2003, 2005 nhà trường được Sở GD&ĐT Nam Định tặng danh hiệu thi đua đơn vị Tiên tiến.
Từ năm 2004 - 2005 đạt chuẩn PCGD trung học cơ sở đúng độ tuổi theo quy định của Bộ GD&ĐT.
Năm 2006 nhà trường được UBND huyện Hải Hậu tặng danh hiệu thi đua Tập thể lao động tiên tiến.
Năm học 2007 - 2008 trường THCS Hải Lý có 755 học sinh vơi 19 lớp học và 20 phòng học kiên cố, 5 phòng học thực hành bộ môn (Vật lý, Sinh học; Hóa học, tiếng và nghe nhìn), trường được chia làm 3 khu (khu hiệu bộ, khu phòng học, khu thực hành bộ môn), có khu vui chơi và luyện tập TDTT của học sinh riêng biệt; đủ các điều kiện đảm bảo cho dạy và học.
Năm 2008, năm 2014 và năm 2018 nhà trường được UBND huyện Hải Hậu tặng danh hiệu thi đua Tập thể lao động tiên tiến.
Năm 2014 nhà trường được Sở GD&ĐT tặng giấy khen.
Từ năm 2010 - 2015 công đoàn nhà trường liên tục đạt danh hiệu "công đoàn cơ sở vững mạnh, suất sắc"
Năm 2012, năm 2013 Công đoàn nhà trường được Liên đoàn lao động huyện Hải Hậu tặng giấy khen.
Năm 2014 Công đoàn trường được Công đoàn giáo dục Việt Nam tặng Bằng khen.
Năm 2016 nhà trường được được sở GD&ĐT công nhận trường đạt chuẩn Xanh - sạch - đẹp - an toàn.
Chị bộ Đảng nhà trường luôn đạt chi bộ trong sạch, vững mạnh, công đoàn nhà trường được công đoàn ngành, Sở tặng giấy khen, bằng khen. Đoàn thanh niên, đội thiếu niên nhiều năm liên tục được Tỉnh đoàn, Huyện đoàn khen tặng.

Trong suốt quá trình xây dựng và trưởng thành nhà trường đã chú trọng công tác giáo dục chính trị tư tưởng, nếp sống văn hóa mới, phát triển phổ cập giáo dục, xây dựng cơ sở vật chất, xây dựng các tổ chức đoàn thể vững mạnh, Xây dựng đội ngũ giáo viên đạt chuẩn  và trên chuẩn, làm tốt công tác từ thiện và xã hội hóa giáo dục... Nhờ đó chất lượng và kết quả giáo dục toàn diện ngày càng nâng cao, số học sinh tốt nghiệp THCS dự thi vào các trường THPT càng nhiều và có chất lượng tạo được niềm tin và địa chỉ tin cây cho các bậc phụ huynh. Nhà trường đã từng bước  phấn đấu  hoàn thành mục tiêu để ra.
50 năm qua, nhiều thế hệ học sinh của nhà trường đã thành đạt, có công việc ổn định, nhiều người giữ những chức vụ quan trọng trong các cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp. Mái trường THCS Hải Lý chính là nơi chắp cánh ước mơ cho các thế hệ học trò.
Cho đến nay, nhà trường đã phát triển lớn mạnh. Hội đồng sư phạm nhà trường có 36 cán bộ - giáo viên – nhân viên, trường có 16 lớp đủ phòng học một ca, nhiều phòng học chức năng với trang thiết bị dạy học hiện đại, nhà công vụ đã được đưa vào sử dụng.
Nhà trường có khuân viên rộng và môi trường Xanh - Sạch - Đẹp – An toàn. Đặc biệt năm học 2018 – 2019 với sự quan tâm của Đảng ủy – HĐND – UBND và nhân dân, sự lỗ lực phấn đấu của giáo viên và học sinh, trường được công nhận lại “ Trường đạt chuẩn quốc gia”, với sự phấn đấu không ngừng, nhà trường đã góp phần vào sự nghiệp giáo dục của Huyện trong phong trào xây dựng nông thôn mới, góp phần không nhỏ vào sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
Với tiềm năng, khí thế vươn lên mạnh mẽ đó, trường THCS Hải Lý sẽ còn tiến xa hơn nữa.